Можно убить надежды, время, и даже целую деревнб заморить.

Здесь столько (кого? чего?) микробов. Это родительный падеж, а не винительный.

Кстати, тоже самое касается бактерий, вирусов, и прочих микроорганизмов.
«Убивает микроорганизмов наповал»?